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技術文章

孔板尺寸對研究會有影響嗎?
更新時間:2024-03-29   點擊次數(shù):445次

斑馬魚行為軌跡跟蹤系統(tǒng)(DanioVision)是一種多功能研究工具,可使用適合該設備的孔板來研究斑馬魚。斑馬魚研究中使用的標準孔板有 24、48 96 孔。

 

孔板尺寸是否重要?

WolterSvoboda在一篇《神經(jīng)科學方法》(Neuroscience Methods)論文中描述了他們?nèi)绾问褂?/span>斑馬魚行為軌跡跟蹤系統(tǒng)來研究使用孔板大小尺寸是否會影響基于運動的晝夜節(jié)律[1]。原因顯而易見:孔板中的孔數(shù)越多,意味著(移動的)空間越小。增加研究的孔數(shù)可以提高研究的產(chǎn)量,但可能會降低研究結果的穩(wěn)定性。

 

使用斑馬魚行為軌跡跟蹤系統(tǒng)進行研究

斑馬魚行為軌跡跟蹤系統(tǒng)(DanioVision是一款用于斑馬魚和其它小型生物的高通量跟蹤系統(tǒng),可應用于許多領域的研究,例如癲癇行為研究、晝夜節(jié)律、運動控制、運動障礙、神經(jīng)發(fā)育等。無論使用的是6、12、2448還是96孔板,該觀察箱都可以容納孔板,并對其中的斑馬魚幼魚進行高通量觀察分析。也可以支持使用培養(yǎng)皿或其他小容器。

 

 

 

孔板尺寸的變化會導致行為差異嗎?

斑馬魚幼魚在環(huán)境變化(如光暗轉換)的觸發(fā)下會增加運動,Emran 等人于2008年對這一特定現(xiàn)象進行了研究[2]?;诖耍?/span>Wolter Svoboda在他們的論文中指出,許多研究小組都在研究斑馬魚的行為,以觀察神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育和功能,但所使用的孔板卻存在很大差異:有些小組在 96 孔板中進行這些行為測定,而有些小組則在 24 孔板中進行這些測定。這種尺寸差異對斑馬魚發(fā)育階段的(晝夜節(jié)律)行為有何影響?

 

孔板中的長期實驗面臨風險

使用斑馬魚行為軌跡跟蹤系統(tǒng)對斑馬魚在 5-23 dpf 期間的晝夜節(jié)律(通過運動)進行了跟蹤和分析。圖 1顯示了同時跟蹤24只幼魚的示例,并顯示了幼魚最初五分鐘的活動軌跡。

 

1

他們在 12 孔板(直徑20毫米)、24 孔板(直徑15毫米)、48 孔板(直徑 10 毫米)和 96 孔板(直徑 6.54 毫米)中記錄了 5-6 dpf 幼魚27小時的運動活動(圖 2)。無論孔板大小如何,幼魚的晝夜節(jié)律看起來都相對典型。

 

2

然而,在單獨分析時,典型晝夜節(jié)律(typical CR)的百分比隨著每板孔數(shù)的增加而下降。在48孔板和96孔板中跟蹤幼魚與在12孔板和24孔板中跟蹤幼魚相比,個體典型晝夜節(jié)律出現(xiàn)的一致性較差。進一步分析比較了不同孔板的典型晝夜節(jié)律百分比,12孔板和24孔板的典型晝夜節(jié)律出現(xiàn)率沒有差異,但24孔板和48孔板以及24孔板和96孔板的典型晝夜節(jié)律出現(xiàn)率存在顯著差異。

在含有24個或更多孔的板中飼養(yǎng)幼魚時,除了晝夜節(jié)律變異性增加外,幼魚活動的幅度也急劇下降50%以上。在孔數(shù)較多的孔板中看到的個體變異性增加可能是由于孔徑減小,活動空間就更小了。由于在12孔板或24孔板中跟蹤的幼魚的典型晝夜節(jié)律出現(xiàn)率沒有差異,他們決定在24孔板中進行后續(xù)實驗。在這些孔板中,幼魚表現(xiàn)出更高的運動活性。

本文發(fā)現(xiàn),當監(jiān)測5-23 dpf幼魚的運動活動作為晝夜節(jié)律的讀數(shù)時,在96孔板中跟蹤幼魚的高通量方法可能會面臨挑戰(zhàn)。對于短期實驗而言,使用96孔板所發(fā)現(xiàn)的這些限制還有待證實。

 

總結

最終,Wolter Svoboda 提出了明確的建議:由于晝夜節(jié)律(通過運動行為衡量)的變異性,長期斑馬魚行為學實驗不推薦在48孔板或96孔板中進行,使用24孔板使這些研究從高通量轉變?yōu)橹械韧繉歉玫倪x擇。

 

參考文獻

1.Wolter, Matthew E.; Svoboda, Kurt R. (2020). Doing the locomotion: Insights and potential pitfalls associated with using locomotor activity as a readout of the circadian rhythm in larval zebrafish. J. Neurosci. Methods, 330, 108465

2.Emran, Farida; Rihel, Jason; Dowling, John E. (2008). A Behavioral Assay to Measure Responsiveness of Zebrafish to Changes in Light Intensities. J. Vis. Exp.(20), 923

 

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